起义脱陈
1916年6月,陈树藩接替陆建章督陕,随即投靠北洋军阀。民党人士胡景翼、郭坚、曹世英等起兵反陈,树起陕西靖国军旗帜。是年冬,陈复派阎锡民去陕北说樊,樊因不了解实情,接受了陈的改编,并奉命南下,与陈部曾继贤合兵一起,攻打靖国军基地三原,失败后退守泾阳。曹世英曾派人与樊密约里应外合夺取泾阳,后因联络失误而未果。不久,胡景翼部张义安等率队攻打西安,陈树藩急调樊部救援。初时,樊部驻西安城内东大街,后移城西南之鱼化寨、甘家寨、木塔寨一带,与张义安部对垒。一天,张义安率所部乘夜攻进鱼化寨,解除了樊部一个连的武装,又派人面见樊,促其起义。樊对陈树藩附逆北京政府早已不满,遂决定脱离陈树藩,树起靖国军旗帜。张义安把收缴的武器返还,双方约定息兵,樊部开赴商州一带整顿,待机出击。
1918年8月,于右任应邀归陕,任陕西靖国军总司令,编靖国军为六路,樊为第二路司令。陈树藩为了对付日益强大的靖国军,一边向北京政府求援,一边以"陕西省长"为诱饵,邀刘镇华率镇嵩军入陕相助。
同年四五月间,樊得悉陈树藩在保定训练的一个旅进驻潼关,遂接受惠又光的建议,突袭潼关,将陈军击溃,缴获大批武器弹药,三天后仍撤回商南。次年6月,樊部进驻蓝田,一度奔袭西安灞桥,击溃陈军一个团,打伤旅长一名;旋又进击驻零口的刘镇华部。此后,樊部西走大王镇,进击户县、周至。陈树藩遣刘镇华率所部镇嵩军全线出击,樊撤至周至城内固守。这时,北京政府为支援陈军,调集奉、直、晋、甘、川、鄂等省军队数万人,从东、西、南、北四面进入陕西。靖国军各路自顾不暇,无法援助樊部,樊在靖国军副总司令张钫协助下苦撑53天,终因粮弹不济,被迫于1919年1月突围退到凤翔,与第一路郭坚部及援助陕西的云南靖国军第八军叶荃部汇合。不久,樊以转战经年,军民疲惫已极为由,与郭坚一起,同驻凤翔、岐山一带的援陈奉军许兰洲部商议,接受奉军改编,樊任第一支队司令;不愿接受改编的滇军第八军开赴耀县,与靖国军其他各路会合。至此,靖国军第一、二两路与陈军罢兵息战,陕西西部的战火暂时告息。
参加革命
1920年,樊与许兰洲部奉调出关,曾几易防地,一度隶属直军吴佩孚,归赵倜节制,改编为豫东第五混成旅。1923年樊部调驻赣南,受孙中山节制,脱离直军。不久进入广东,樊被委任为讨逆军司令,参加讨伐陈炯明叛乱诸战役,取得重大胜利,受到孙中山的嘉奖,被誉为"好同志,真革命",并召开大会为樊庆功。1924年1月当选为国民党一届中央候补监察委员,10月任北伐先遣队总指挥;同月,孙中山授樊部为建国豫军,任樊为总司令。以后樊奉命率军转战湘、赣、豫各地,经大小百余战,卓有功绩。这时,樊军已扩大为五个师又三个旅。1925年春,一度归豫督和国民军第二军节制,参加了豫西消灭镇嵩军憨玉琨部的战斗。国民军第二军失败后,退至京汉线以西,多次击溃吴佩孚的"围剿",收复了南阳等县。1926年7月,率师参加北伐,在武胜关截吴佩孚军后路,吴几被俘。1927年6月以后,樊曾任国民革命军第四十五军军长、国民政府委员、军事委员会委员、军事参议院参议。1930年初樊回河南,重整旧部,被冯玉祥编为第八方面军,自任总司令,参加中原大战。6月4日清晨樊在许昌南关视察督战后准备返回城内时,被蒋介石的飞机投弹炸伤腰部,医治无效,6月5日逝世。