魏晋南北朝
魏晋南北朝时期,天水、西州(今甘肃中部和西北部)一带尹姓成为当地大族。尹纬,祖籍陇右天水,后秦尚书仆射、清河忠成侯。自幼胸怀大志,但因前秦并州刺史尹赤叛降无度,苻坚禁锢尹姓同族不得出仕,尹纬在前秦一直做着尚书令史的小官。淝水之战后天下大乱,他促使姚苌自立,废桥之战荡平符登,成为后秦开国元勋,符坚临死前评价他是宰相王猛一类的人才。西凉开国皇帝李暠的妻子尹夫人,天姿聪颖,才思敏捷。系天水郡尹文的女儿,随父移居姑臧(今武威)。在李暠创建的西凉政绩中,授注着她许多心血和智慧,时人称之为“李尹王敦煌”,故有天水郡望。南朝宋国虎牢关守将、司州刺史尹冲,北魏辅国将军尹挺,唐朝工部尚书、天水郡公尹思贞,他们的祖籍都称天水,可见天水尹氏影响之大。
隋唐
这一时期,史册所载尹姓名人较少,北方经历了剧烈的社会动荡以及朝代更迭,天水尹氏淡出历史舞台,东汉经学家尹敏的后人在河间郡发展成为当地的宗族大户,是为河间尹氏。礼部员外郎尹知章,绛州翼城人,是为绛州尹氏,其先祖无考。隋朝创建了科举制度,打开了读书人的上升通道,阆州(四川阆中)人尹枢在唐德宗贞元七年状元及第,其弟尹极又在唐宪宗元和八年状元及第,时人称赞他们兄弟为“梧桐双凤”。
两宋时期
五代十国年间,全国的政治中心转移到河南开封,后晋右卫大将军尹晖(祖籍代北,生于魏州)迁居京都,成为开封尹氏的开基始祖,被辽兵称作“黑面大王”的北宋将领尹继伦为其长孙。尹显,字廷勋,祖籍河东平阳,后徙于相州邺郡,历任磁、同、滁三州刺史。宋太宗在后周时娶尹显之女为妻,尹氏早薨,太宗即位后追谥她为淑德皇后,追赠尹显太傅、平阳王,夫人符氏为两国夫人。保信军节度使尹崇珂,歙州刺史尹崇珪,皆为尹显之子。两宋年间,文学诗词发展至大成,此时亦有尹姓文学家出现,如范仲淹的学生尹师鲁,北宋散文家,世称“河南先生”,一生倡导古文,喜谈兵事,所著《叙燕》、《息戎》;另外还有世称“河间先生”的尹源、和靖处士尹焞,三人以文采闻名于当世,且属于同宗,跟据欧阳修所著《尚书虞部员外郎尹公墓志铭》记载,他们的祖先世居太原,自曾祖尹谊始迁河南。宋朝末年,随着金兵南下和蒙古铁骑的烽烟,北方士族纷纷往南迁徙,尹氏族人也在此时往江西、浙江、江苏等地迁徙。
元明清
宋末元初和元末明初,尹氏由山东、山西迁徙到安徽、江西等地,此后又继续迁往湖南、湖北等省。明末清初的“湖广填四川”移民运动,湖南、湖北尹氏又大批迁移四川、重庆等地。另有山东尹氏官员带领大批同姓官兵到北京抗击清兵,溃败后部分保留姓氏留下。这种大规模的移民,加上各情况的个别迁徙,大约到了清朝中期,尹姓开始广布于南方各省。