雍正时,充圣祖实录总裁,行取授刑部主事,督学陕西。累官文华殿大学士,兼吏部、兵部尚书,与怡贤亲王共治畿辅营田水利。雍正还命朱轼为皇子爱新觉罗•弘历(即后来的乾隆皇帝)之师。后同治年间的《高安县志》记载,雍正皇帝曾于1723年赐与朱轼“朝堂良佐”御匾一块,以表示当朝皇帝对他的器重和信赖之情。
乾隆时,充世宗实录总裁,命协同总理事务。卒赠太傅。
朱轼跻身相位,当朝一品,得到康熙帝的赏识,雍正帝的重用,乾隆帝的倚重,是康、雍、乾三世“恩宠极人臣之分”的显赫人物。
朱轼一生居官廉洁审慎,刚正不阿,处事公正,执法严明,赈济灾民,广施惠政,被百姓称为“大清官”,他巡抚浙江,政绩更著,时称“轼持风谦,以身作则,境内之治,号通国第一。”上任伊始,他便把“清吏治,正风俗”做为急务。他说:“查吏莫先于奖廉惩贪,厚俗莫要于云奢崇俭。”就是说,要考察官吏,没有比奖励廉洁惩办贪污更重要的;要使风俗淳厚,没有比禁止奢侈、崇尚更要紧的。他下令取消巡府衙门的额外摊派,精简巡府的出入仪仗队。他办理政事十分勤勉,重要的事情一定要亲自办、亲自过问,把境内治理得井井有条。特别是他治海水,更是功绩著显。清代,海宁、上虞一带多是海患,海潮给人民造成了灾难。在元代、明代筑提塘,提基尽是浮沙,多次崩塌。朱轼经过实地考查,反复研究,认为只有采用“水柜法”筑石堤,才能保持永久。所谓“水柜法”就是用松树、杉树等耐水木材,做成长丈余、高四尺的水柜,内塞碎石,横贴堤基,使其坚固,再用大石高筑堤身,附提别筑坦坡,高度大约为提身的一半,仍然用木柜为主干,外面砌巨石二三层,用来保护提脚,从此以后海担坚固,沿海的老百姓免除了水患。后与怡贤亲王共治畿辅营田水利,蓄泄得宜,溉田六十顷。
由于朱轼的正直、节俭、廉洁,以及一贯的勤政爱民,他逐渐受到皇帝的重视,从地方县官渐升至巡抚等职,至康熙五十九年,朱轼擢左都御史。康熙六十年,山西、陕西大旱,朱轼差往山西劝粜给赈。他严惩贪官污吏,奖励富户、绅士捐献粮钱,救济灾民。他还组织劳力整治漕河水道,停收米船课税,以利粮食流通责任地方官设厂医治患病灾民。此后疏请山西建立社仓以备荒歉;大兴水利,引泉灌田,民受其利。
雍正元年,御赐“朝堂良佐”匾和题诗扇面,转迁吏部尚书,晋加太子太保,又加太子太傅,雍正视其为左右手。朱轼在兴修水利,救济灾民,安定社稷,保卫巩固边疆方面,都作出了贡献,受到康熙、雍正、乾隆三朝皇帝的重用和尊敬,成为了一代名臣。