延祐六年,授太常礼仪院经历。属英宗躬修祀事,锐意礼乐,其亲祀仪注、卤簿舆服之制,率所裁定。初,太庙九室,合飨于一殿,仁宗崩,无室可祔,乃于武宗室前,结彩为次。英宗在上京,召礼官集议,元用言:「古者宗庙有寝有室,宜以今室为寝,当更营大殿于前,为十五室。」帝嘉其议,授翰林待制,升直学士。
至治三年八月,铁失之变,贼党赤斤铁木儿遽至京师,收百司印,趣召两院学士北上。元用独不行,曰:「此非常之变,吾宁死,不可曲从也。」未几,贼果败,人皆称其有先见之明。
泰定二年,授太子赞善,转礼部尚书,兼经筵官,及大朝会,为纠仪官,申卷班之令。俾以序退,无争门而出之扰。又谓太医、仪凤、教坊等官,不当序正班,当自为一列,后皆行之。时宰执有欲罢科举法者,元用以为「国家文治,正在于此,胡可罢也」。又有欲损太庙四时之享、止存冬祭者,元用谓:「禴祠尝烝,四时之享,不可阙一,乃经礼之大者,其可惜费而废礼乎!」三年夏,帝以日食、地震、星变,诏议所以弭灾者,元用谓:「应天以实不以文,修德明政,应天之实也。宜撙浮费,节财用,选守令,恤贫民,严禋祀,汰佛事,止造作以纾民力,慎赏罚以示劝惩。」皆切中时弊。又论科举取士之法,当革冒滥,严考核,俾得真才之用。议上,朝廷咸是之。拜中奉大夫、翰林侍讲学士,兼经筵官,预修仁宗、英宗两朝实录。又奉旨纂集甲令为《通制》,译唐《贞观政要》为国语。书成,皆行于时。凡大制诰,率元用所草。文宗时,草宽恤之诏,帝览而善之,赐金织文锦。
天历二年,代祀曲阜孔子庙。还,以司寇像及代祀记献,帝甚喜。值太禧宗禋院副使缺,中书奏以元用为之,帝不允曰:「此人翰林中所不可无者,将大用之矣。」会卒,帝嗟悼久之,谓侍臣曰:「曹子贞尽忠宣力,今亡矣,可赐赙钞五千缗。」赠政奉大夫、江浙等处行中书省参知政事、护军,追封东平郡公,谥文献。诗文四十卷,号《超然集》。二子:伟,仪。